Το σχολείο Ευρωπαϊκής Παιδείας Ηρακλείου Ιδρύθηκε το 2005 όταν επιλέχτηκε η Ελλάδα ως χώρα φιλοξενίας της έδρας του τότε ιδρυθέντος Ευρωπαϊκού Οργανισμού του ENISA, (the EU Agency for Network and Information Security). Τα Ευρωπαϊκά Σχολεία είναι επίσημα εκπαιδευτικά ιδρύματα που ελέγχονται από κοινού από τις κυβερνήσεις των κρατών μελών της Ευρωπαϊκής Ένωσης, το σύστημα των οποίων βασίζεται σε διεθνή σύμβαση που ανάγεται στο 1953. Σε όλες τις χώρες θεωρούνται νομικά δημόσια όργανα. . Συστάθηκαν, αρχικά, για τα παιδιά των υπαλλήλων που εργάζονται στα ευρωπαϊκά θεσμικά όργανα, προκειμένου να διευκολυνθεί η κινητικότητα προσωπικού. .
Η δομή των Ευρωπαϊκών Σχολείων Σε όλα τα Ε.Σ. το νηπιαγωγείο εκτείνεται σε δύο χρόνια, το δημοτικό σε πέντε και το Γυμνάσιο-Λύκειο σε επτά. Το νηπιαγωγείο δέχεται παιδιά τεσσάρων χρονών και αποβλέπει στην ανάπτυξη των δυνατοτήτων τους, μέσω της Διαδραστικής και άμεσης μάθησης καθώς και του δημιουργικού παιχνιδιού. Το Δημοτικό δέχεται μαθητές που έχουν συμπληρώσει ή θα συμπληρώσουν το έκτο έτος στη διάρκεια του ημερολογιακού έτους που εγγράφονται. Ο δευτεροβάθμιος κύκλος δέχεται μαθητές μετά την ηλικία των 11 και έχοντας ολοκληρώσει με επιτυχία τον πρωτοβάθμιο κύκλο στο ευρωπαϊκό Σχολείο. Διαφορετικά, πρέπει να είναι κάτοχοι ισοδύναμου πιστοποιητικού που έχει εκδοθεί από το αναγνωρισμένο εκπαιδευτικό ίδρυμα. Ο κύκλος της δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης επισφραγίζεται με το ευρωπαϊκό απολυτήριο, στο τέλος της 7ης τάξης. Το απολυτήριο είναι πλήρως αναγνωρισμένο σε όλες τις χώρες της Ε.Ε. και σε αρκετές άλλες. Οι κάτοχοι έχουν ισότιμο δικαίωμα εισόδου σε όλα τα ανώτατα εκπαιδευτικά ιδρύματα της Ε.Ε. όπως οι κάτοχοι εθνικού απολυτηρίου των χωρών-μελών. Ευρωπαϊκά Προγράμματα Το Σχολείο Ευρωπαϊκής Παιδείας Ηρακλείου έχει συμμετάσχει σε πέντε προγράμματα Erasmus KA1 και KA2 από την ίδρυση του. Έχοντας αυτή την εμπειρία, το σχολείο αναγνωρίζει τα οφέλη που έχουν τόσο οι μαθητές όσο και το εκπαιδευτικό προσωπικό συμβάλλοντας σημαντικά στην μέχρι τώρα ανάπτυξη του.